I metodi di purificazione che possono essere utilizzati per il collagene includono la salatura, la dialisi, la centrifugazione, l'elettroforesi e la cromatografia, di cui la salatura, la centrifugazione e l'elettroforesi sono le più comunemente utilizzate. Poiché è difficile separare completamente e purificare il collagene con un unico metodo, l'operazione vera e propria consiste nel raggiungere lo scopo di separare e purificare il collagene con un metodo composito. Il metodo di salatura utilizza generalmente NaCl ad alta concentrazione; il metodo di centrifugazione utilizza solitamente un'ultracentrifuga preparativa a bassa temperatura; il metodo dell'elettroforesi utilizza principalmente l'elettroforesi su gel di poliacrilammide di sodio dodecil solfato (SDS-PAGE), che può essere utilizzata per entrambi i collageni. Può anche essere usato per determinare la massa molecolare relativa delle molecole di collagene. Ad esempio, alcune persone usano il metodo in tre fasi di frantumazione, enzimolisi e salatura per purificare il collagene di tipo I dell'osso di pecora Sunite. Le sostanze non collagene nelle ossa sono state prima rimosse, quindi al pellet è stato aggiunto l'10 percento di pepsina, digerito a 4 gradi per 24 ore e centrifugato a 14,000 r/min per 40 minuti. Eliminare il precipitato e aggiungere NaCl al surnatante per fare in modo che la concentrazione finale raggiunga 0,9 moL/L, lasciare riposare per una notte e quindi centrifugare. Il precipitato finale è il collagene di tipo I.
